의료비 세액공제는 근로자가 기본공제대상자(나이와 소득 제한 없음)를 위해 쓴 의료비 가운데 총급여의 3%를 넘는 부분에 대해 받습니다. 공제율은 기본 15%이고, 미숙아·선천성이상아 의료비는 20%, 난임시술비는 30%입니다. 실손의료보험에서 돌려받은 보험금은 의료비에서 빼고 계산해야 합니다. 즉 병원비로 낸 돈 전체가 아니라, 보험금을 받고 실제로 내가 부담한 금액만 공제 대상입니다.
이 글의 기준은 국가법령정보센터에서 직접 확인한 소득세법 제59조의4 제2항과 소득세법 시행령 제118조의5입니다. 의료비 조항(제2항)의 마지막 개정은 2023년 12월이어서, 2025년 귀속(2026년 1~2월 연말정산)과 2026년 귀속(2027년 1~2월 연말정산) 모두 같은 공제율과 한도가 적용됩니다. 국회를 통과하지 않은 개편 논의는 현행 기준이 아니므로 이 글에 넣지 않았습니다.
의료비 세액공제 공제율과 한도 한눈에 보기
조문은 의료비를 누구를 위해 썼는지, 어떤 성격의 비용인지에 따라 나눕니다. 아래 표는 소득세법 제59조의4 제2항 제1호부터 제4호, 시행령 제118조의5 제1항을 그대로 옮겨 정리한 것입니다.
| 구분 | 공제율 | 한도 |
|---|---|---|
| 일반 의료비 (배우자, 7세 이상 64세 이하 부양가족 등) | 15% | 총급여 3% 초과분 기준 연 700만원 |
| 본인, 과세기간 개시일 현재 6세 이하, 과세기간 종료일 현재 65세 이상, 장애인, 중증·희귀난치성질환자·결핵환자 | 15% | 한도 없음 |
| 미숙아·선천성이상아 의료비 | 20% | 한도 없음 |
| 난임시술비 (관련 처방 의약품 포함) | 30% | 한도 없음 |
| 시력보정용 안경·콘택트렌즈 | 해당 대상자 공제율 | 1명당 연 50만원 이내 |
| 산후조리원 비용 | 해당 대상자 공제율 | 출산 1회당 200만원 이내 |
여기서 6세 이하는 과세기간 개시일(1월 1일) 현재, 65세 이상은 과세기간 종료일(12월 31일) 현재를 기준으로 봅니다. 같은 나이라도 기준일이 달라서 헷갈리기 쉬운 부분입니다. 본인 의료비는 나이와 상관없이 한도가 없는 쪽에 들어갑니다.
실손보험금은 왜 빼야 하나요
시행령 제118조의5 제1항은 공제 대상 의료비를 “해당 근로자가 직접 부담하는” 의료비로 정하고, 보험회사 등으로부터 지급받은 실손의료보험금은 제외한다고 적고 있습니다. 병원에 100만원을 내고 실손보험에서 70만원을 돌려받았다면, 공제 대상은 30만원입니다.
주의할 점은 시기입니다. 연말정산 간소화 자료에는 병원 결제 금액과 실손보험금 수령 내역이 따로 잡힐 수 있습니다. 보험금 수령 내역이 반영되지 않은 상태로 의료비를 전액 공제받으면, 공제 대상 금액이 실제보다 크게 잡힙니다. 간소화 화면에서 실손보험금 항목이 있는지 꼭 확인하고, 없다면 보험사 지급 내역과 대조하는 편이 안전합니다.
공제 대상이 되는 비용과 안 되는 비용
시행령이 정한 공제 대상 의료비는 다음과 같습니다.
- 진찰·치료·질병예방을 위해 의료기관에 낸 비용
- 치료·요양을 위한 의약품(한약 포함) 구입비
- 장애인 보장구, 의사 등의 처방에 따른 의료기기 구입·임차 비용
- 시력보정용 안경·콘택트렌즈 구입비 (1명당 연 50만원 이내)
- 보청기 구입비
- 노인장기요양보험 장기요양급여의 본인부담금, 장애인활동지원급여의 본인부담금
- 산후조리원 비용 (출산 1회당 200만원 이내)
반대로 같은 조 제2항은 미용·성형수술 비용과 건강증진을 위한 의약품 구입비는 포함하지 않는다고 정합니다. 영양제처럼 치료 목적이 아닌 구입비는 약국에서 샀더라도 공제 대상이 아닙니다.
총급여 3% 문턱은 어떻게 계산하나요
일반 의료비(제1호)는 총급여의 3%를 넘는 금액만 공제 대상이 되고, 그 금액이 700만원을 넘으면 700만원까지만 인정합니다. 본인·65세 이상·장애인 등을 위한 의료비(제2호)는 한도가 없지만, 일반 의료비가 총급여 3%에 못 미치면 그 모자란 금액을 제2호 의료비에서 뺍니다. 제3호(미숙아 등), 제4호(난임시술)도 앞 호의 합계가 3%에 못 미치면 모자란 금액을 차례로 뺍니다. 결국 전체 의료비에서 총급여 3%가 한 번 빠지는 구조입니다.
계산 예시 (가정)
아래는 산식을 보여주기 위한 가정이며 실제 사례가 아닙니다. 총급여 5,000만원인 근로자가 한 해 동안 본인 의료비 300만원을 냈고 그중 100만원을 실손보험금으로 돌려받았으며, 기본공제대상자인 배우자(40대, 장애인 아님) 의료비로 250만원을 냈다고 가정합니다.
- 총급여 3%: 5,000만원 x 3% = 150만원
- 일반 의료비(배우자): 250만원 – 150만원 = 100만원 (700만원 한도 이내)
- 본인 의료비: 300만원 – 실손보험금 100만원 = 200만원 (한도 없음, 일반 의료비가 3%를 넘었으므로 추가 차감 없음)
- 공제 대상 의료비 합계: 100만원 + 200만원 = 300만원
- 세액공제액: 300만원 x 15% = 45만원
만약 배우자 의료비가 100만원뿐이었다면 3%(150만원)에 50만원이 모자라므로, 본인 의료비 200만원에서 50만원을 빼 150만원만 공제 대상이 되고 세액공제액은 150만원 x 15% = 22만 5천원입니다. 이 금액은 세액공제액 계산이며, 실제로 줄어드는 세금은 개인의 결정세액에 따라 다릅니다.
연말정산 전에 확인하는 순서
- 총급여를 확인하고 3% 금액을 미리 계산합니다.
- 간소화 자료에서 가족별 의료비가 모두 조회되는지 봅니다. 부양가족 자료는 자료제공 동의가 있어야 보입니다.
- 실손의료보험금 수령 내역이 반영되었는지 확인하고, 빠졌다면 보험사 지급 내역과 대조합니다.
- 안경·콘택트렌즈, 산후조리원처럼 간소화에 잡히지 않을 수 있는 비용은 영수증을 따로 준비합니다.
- 본인·65세 이상·장애인 등 한도 없는 대상과 일반 대상을 구분해 의료비지급명세서에 적습니다.
- 미용·성형, 건강증진 목적 의약품은 빼고 제출합니다.
항목별 요약은 국세청 특별세액공제 안내에서도 볼 수 있습니다. 회사 연말정산 담당자나 국세청 126 상담으로 개인 상황을 확인하는 것이 가장 정확합니다.
자주 묻는 질문
맞벌이라면 배우자 의료비를 제가 공제받을 수 있나요?
의료비 공제는 기본공제대상자를 위해 지급한 의료비가 대상입니다. 조문상 의료비 공제 대상자는 나이와 소득 제한을 받지 않지만, 배우자를 본인의 기본공제대상자로 올릴 수 있는지는 별도 요건으로 판단합니다. 소득이 있는 배우자의 의료비 처리는 국세청 126이나 회사 담당자에게 확인하는 편이 안전합니다.
부모님 의료비도 되나요?
부모님이 기본공제대상자이고 과세기간 종료일 현재 65세 이상이면, 그 의료비는 한도 없는 제2호 의료비에 들어갑니다. 의료비 공제에서는 나이와 소득 제한을 받지 않는다고 조문에 적혀 있지만, 부모님을 기본공제대상자로 올릴 수 있는지는 따로 확인해야 합니다.
실손보험금을 다음 해에 받으면 어떻게 하나요?
조문은 지급받은 실손의료보험금을 의료비에서 제외하도록 정할 뿐 받은 시점별 처리 방법은 이 조문에 적혀 있지 않습니다. 의료비를 낸 해와 보험금을 받은 해가 다르면 처리 방법을 국세청 126에 확인하고, 이미 공제받은 뒤라면 수정신고가 필요한지 물어보는 것이 좋습니다.
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확인일 2026년 10월 23일. 신청·가입 전에 원문을 다시 보세요. 이 글은 일반 정보이며 개인 상담이 아닙니다.